Климентовский монастырь был основан приблизительно в 8-9 веках, в 14-15 столетии его достраивали. Существует даже мнение, что отдельные подземные сооружения появились на заре христианства. Климент, святой священномученик и ученик апостола Петра, находился здесь на каторжных работах в 98 году. Святой Климент и его последователи создали в Крыму порядка 75 храмов, - так гласит предание. Сам Климент трудился на возведении церкви Андрея Первозванного.

Запустение настигло монастырь в 1779 году, когда всех христиан стали выселять с Крымского полуострова. Екатерина II с визитом приезжала в Крым в 1787 году, ее сопровождали знатные особы из иностранных королевских фамилий. Иннокентий, архиепископ Таврический и Херсонский, написал множество просьб о возрождении монастыря. И в 1850 году (15 апреля) по указу Священного Синода монастырь в Инкермане возобновил деятельность.

Большие разрушения монастырь понес во время Инкерманского сражения в октябре 1854 года. В последующие десятилетия его восстанавливали и реставрировали. Огромную помощь при этом оказывал Алексий, архиепископ Таврический. Настоятель иеромонах Ефрем много трудился на благо монастыря. Реставрация храмов, строительство дома для настоятеля, возведение домовой церкви проходило на средства, выделенные И. Четвериковым и А. Мелюшиным. Руководил работами Д.М.Струков, художник Императорской Академии.

Пещерный храм в Инкермане носит имя святого Мартина Исповедника. Сторонники учения о монофелитстве отправили его в ссылку в Херсонес, где он умер в 655 году. В 1867 году сделали перепланировку храма. Как символ спасения семьи императора (имеется ввиду катастрофа под станцией Порка, произошедшая в 1888 году) возвели и освятили Пантелеймоновский храм в 1895 году. В 1905 год в монастырский ансамбль добавилась церковь Николая Чудотворца Мирликийского, выстроенная на ровном верхнем участке скалы.

В 1924 году храмы монастыря начали закрывать. Пещерные церкви закрыли 15 декабря 1931 года, а всю их собственность отдали в музеи Севастополя. Позднее монастырская гостиница стала жилым домом. По желанию кинорежиссеров с пещерного Климентовского храма убрали колонны, служившие его украшением.

1991 год – год начала возрождения Инкерманского монастыря. Большую роль в этом сыграл архимандрит Августин. Началась реставрация и восстановление храмов. В наши дни идут работы в Троицкой церкви. С благословения украинского митрополита Владимира чаша с мощами святого Климента была перенесена в пещерный храм.