Севастопольская биологическая станция была основана в 1871 году, по инициативе и при непосредственном участии ученых: академика Императорской академии наук А.О.Ковалевского и ученого, путешественника и исследователя Н.Н.Миклухо-Маклая.

А.О.Ковалевский стал директором биологической станции, а впоследствии и инициатором строительства морского Аквариума.

Вплотную занимаясь исследовательской деятельностью по изучению флоры и фауны подводного мира, небольшая биологическая станция выросла в крупнейший в мире институт биологии южных морей. Аквариум с годами несколько раз перестраивался. К 1966 году, это был уже крупнейший на Черном море аквариум с тремя залами.

В центральном зале, имевшем форму многогранника, помещались: двенадцать больших пристенных аквариумов с редчайшими обитателями морей и океанов, огромный бассейн (площадью 150 куб.м). В аквариумах были собраны морские обитатели. В двух других залах размещается огромная коллекция представителей флоры и фауны, собранная со всех континентов.